До Реставрации Мэйдзи в японском языке знаки препинания не использовались. Выразительных средств письменности достаточно для передачи вопросительных или восклицательных интонаций: к примеру, частица ка か, стоящая в конце предложения, делает его вопросительным, а частица ё よ — восклицательным. При передаче разговорной речи, в которой многие управляющие частицы опускаются, знаки препинания встречаются чаще. Сами знаки препинания в японской письменности имеют иную форму и размер, нежели европейские. К примеру, точка (。), запятая (、) и парные кавычки (「」) занимают место целого иероглифа.

Более широкая область применения исторически была у знаков повтора. Чтобы не писать два одинаковых кандзи подряд, можно второй заменить знаком повтора одоридзи 踊り字, имеющим следующий вид: 々. К примеру, слово «люди» (хитобито) чаще записывается как 人々, а не как 人人. До послевоенных реформ письменности применялись и другие знаки повтора: для отдельных знаков каны или целых групп. Иногда эти знаки по-прежнему применяются в вертикальном письме.

Другой часто используемый вспомогательный символ — ヶ (уменьшенный знак катаканы кэ). Он произносится как ка, когда используется для показания количества (например, в сочетании 六ヶ月, роккагэцу, «шесть месяцев») или как га в топонимах, например, в названии района Токио Касумигасэки (霞ヶ関). Данный символ является упрощённой записью кандзи 箇.