Рис
Является основным ингредиентом японской кухни и основой питания в Японии вообще. В японском языке слово «варёный рис» (подобно русскому «хлеб»), обозначает не только конкретный продукт питания, но и еду вообще.
Для японской кухни предпочтительны сорта риса, характеризующиеся повышенной клейкостью при разваривании — при приготовлении из такого риса блюдо имеет структуру небольших комков, которые удобно есть с помощью палочек. Рис готовится как отдельное блюдо и используется в качестве компонента при приготовлении множества «комбинированных» блюд.

Морепродукты
Рыба, моллюски, морские животные в японской кухне являются вторым по важности компонентом после риса. Как правило, при приготовлении они подвергаются лишь незначительной термообработке (обжарка, приготовление на пару), а в некоторые блюда (сасими) включаются просто в сыром виде, выдержанные в уксусе или обработанные иным образом без применения высокой температуры.
Применяются в японской кухне и морские водоросли.

Соя
Соя была принесена в Японию из Китая, она применяется в японской кухне в различных видах:
Тофу (соевый творог или соевый сыр) — питательная основа для множества блюд.
Соевый соус — приправа, чрезвычайно широко используемая.
Соевый суп-паста мисо.
Ферментированные бобы Натто

Фасоль
Широко используется в супах и в качестве ингредиента для гарниров.

Прочие растения
Находят применение в японской кухне практически все культурные и многие дикие съедобные растения. В частности, широко применяются морковь, огурцы, капуста, салат. Специфические растения — хрен васаби, белый редис дайкон, бамбук, лотос, батат, — используются для гарниров и приготовления соусов.

Макаронные изделия
В японской кухне применяется лапша:
удон — из пшеничной муки;
соба — из гречневой муки (чаще — с добавлением пшеничной).
Лапшу используют в различных блюдах: в супах, салатах, в качестве гарнира к рыбным и мясным блюдам. Одним из популярных блюд, как домашней кухни, так и общепита, является рамэн — лапша в мясном или овощном бульоне.

Мясо
(говядина и свинина) пришло в японскую кухню достаточно поздно из европейской и китайской, используется оно весьма ограниченно, считается скорее лакомством, чем обычной ежедневной пищей. Тем не менее, мясо входит в состав многих блюд, как правило, заимствованных, например, рамэн часто подаётся с куском свинины.